2019年IPA秋季更新

2019-10-14 10:18:30 来源:源资信息科技(上海)有限公司

新闻摘要:本次更新,将经典通路也作为一个可以预测活性变化的节点,添加到分子网络中去,增加了数据分析结果的阐述能力。这些新的通路节点与IPA中罗列的经典通路一一对应,和疾病及生物学功能的节点使用方法类似。可以在分子网络中添加这些节点,并且从整体上模拟这些节点在一个活性网络中的激活或抑制的活性。这一活性模拟仅仅适用于有通络激活模式的经典通路中。

能够将经典通路作为可预测活性的节点添加到网络或通路中

本次更新,将经典通路也作为一个可以预测活性变化的节点,添加到分子网络中去,增加了数据分析结果的阐述能力。这些新的通路节点与IPA中罗列的经典通路一一对应,和疾病及生物学功能的节点使用方法类似。可以在分子网络中添加这些节点,并且从整体上模拟这些节点在一个活性网络中的激活或抑制的活性。这一活性模拟仅仅适用于有通络激活模式的经典通路中。

如图1显示了在My Pathway中,TNF节点与TNFR1信号通路有正向激活的关系。IPA通过MAP工具将 TNF“激活”(以红色显示),预测当TNF的激活时,TNFR1通路也被激活(橙色)。


图1:在IPA中,经典通路作为节点示例。(如图,通路以作为一个受到TNA激活的节点显示。)。在My Pathway中,每个经典通路都能够作为节点加入到分子网络中,依次选择“Build”>“Grow”工具,点击通路按钮,就能看到经典通路可视化选项。要注意的是,如果用Grow工具从通路扩展出相关基因时,所有该通路的成员,包括Group或Family的成员都会展开到My pathway中。如果想从这个网络中再定位用于分析打分的分子,可以通过搜索,再把搜素结果生成一个新的My Pathway的网络图。但是这一方法会把不参与打分的Group或Family加入,可以通过Build>Trim工具去除这些节点。


可以将经典通路节点添加到任何网络中来提高网络的说明性。例如,图2显示了在干细胞分化为心肌细胞的核心分析结果中的互动网络中添加经典通路节点的示例。其中一些分子能够激活Apelin Endothelial Signaling和Paxillin Signaling pathways两条经典通路。


图2:将两条经典通路加入一个互作网络中。使用Build>Grow,经典通路节点就添加进入了核心分析中已经存在的互作网络中。


也可以将经典通路节点加入到Regulator Effects或其他经典通路的网络图中(如图3、图4所示)。


图3:两个经典通路节点添加入Regulator Effects网络中。用Build>Grow,经典通路节点能够添加进一个核心分析中的Regulator Effects网络中。这些通路的节点在这一实验数据结果中显示了被激活的活性。


图4:经典通路节点添加入另一个经典通路网络中。用Build>Grow,经典通路节点能够添加进一个经典通路网络中。在这一实验数据结果中这一通路节点显示了被抑制的活性。


在IPA中,已经有90多个通路中已经包含另一个通路节点。在本次更新之前,这些通路节点不能与原网络进行交互式互动的。本次更新后,这些通路网络中的通路节点是可以互动了,能够根据分子活性预测其活动。 图5显示了Cdc42 pathway 信号通路中包含两个经典信号通路:ERK/MAPK Signaling 和 SAPK/JNK Signaling,经分子活性预测这两个通路在Cdc42 pathway 下游被激活。


图5:在经典通路网络中的通路节点也显示出网络动态活性。 IPA中已经有90多个经典通路包含了其他一个或多个通路节点。使用IPA中的MAP工具,可以预测激活c-RAF和JNK蛋白家族对其下游的通路有激活的影响。



通过保存Build工具过滤器简化工作

在My Pathway中使用Build工具栏的Grow和Connect时,有时需要在打开的每个网络或通路上重复执行相同的操作。 例如,每次都需要Grow寻找上游调控因子。本次更新之后,可以在按照需要进行过滤条件设置,并将其报错为默认值。之后,每次使用新的Build工具都会使用保存的设置。不用担心,随时可以在需要时将自定义设置重设为出场默认设置。 


图6:在Grow工具中添加了的“另存为首选项”按钮。如图,ligand-dependent nuclear receptor和 transcription regulator两个节点类型的过滤条件已经被保存为默认值。现在,无论何时打开通路或分子网络,“Grow”工具都将仅添加该类型的分子。 IPA的“应用程序偏好设置”中的“构建偏好设置”面板将显示您保存的设置,如下图7所示。


下面的图7显示了File> Preferences> Application Preferences…下的Build preferences面板。


图7:新的Build preferences过滤面板,可以通过 File > Preferences > Application Preferences…路径找到。


数据库更新内容

加入四个新的经典信号通路:

• Systemic Lupus Erythematosus In B Cell Signaling Pathway

• Netrin Signaling

• HOTAIR Regulatory Pathway

• White Adipose Tissue Browning Pathway


加入了约9万4条新的findings,findings的总数增加到690万条:

~77,000 new Expert findings

~15,000 new ClinVar findings

~1500 new disease-to-target findings from ClinicalTrials.gov

~1600 new drug-to-disease findings from ClinicalTrials.gov

~300 new findings from the Chemical Carcinogenesis Research Information System (CCRIS)

~230 new mappable chemicals have been added.

Conserved Domain Database 更新 (增加了the Isoform View).


Analysis Match分析更新

本次更新了1285个新的分析


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