2018年IPA夏季更新

2018-07-30 21:23:00 来源:源资信息科技(上海)有限公司

新闻摘要:本次IPA更新主要在Analysis Match模块中补充的大量的样本数据和分析,使Analysis Match大数据样本更加丰富。并且增强了Analysis Match部分功能,加快了IPA调用分析的时间。

摘要:本次IPA更新主要在Analysis Match模块中补充的大量的样本数据和分析,使Analysis Match大数据样本更加丰富。并且增强了Analysis Match部分功能,加快了IPA调用分析的时间。


Analysis Match更新

Analysis Match样本数将超过47000个。本次比春季更新增加了6倍的样本量,大大增强了数据的整合分析能力。本次更新,Analysis Match 添加了11000个表达数据集,又导入了NIH Library of Integrated Network-Based Cellular signature (LINCS) Program的约28000个数据集,加上之前已有的8000多个数据集,IPA现在能够提供超过47000个数据集。随着增加更多的Analysis Match数据集,IPA能提供更多佐证来阐明因果联系,并可以提高获得结果的准确度。



表一:2018年IPA夏季更新后Analysis Match能提供的样本个数。


Analysis Match主要包含了三个内容的更新:


1、通过Omicsoft公司的数据保证来自GEO、SRA等样本数正常稳定的增长。

2、由TCGA得到的差异表达数据按照癌症类型和/或相关患者元数据建立成新的数据集;

3、去除在IPA中无意中组合成超集的相似数据集,这些数据集已被替换为单个(非联合)版本。


Analysis Match能够将上传的数据分析与在IPA中成千上万的其他分析匹配分析获得有含义的分析结果。这一匹配分析能够自动寻找相似或相反的具体分析,从而获得疾病、基因和上游调节因子网络之间更加合理的因果关系解释。 本次更新,Analysis Match与一些新的TCGA数据集进行匹配。例如,在核心分析用“查询”了用NRE2(NFE2L2)激活化合物CDDO-Me治疗的小鼠肾脏组织与DMSO处理的对照小鼠的转录组结果,通过Analysis Match分析匹配发现,核心分析相匹配了几个新的TCGA数据集,其中有在NFE2L2或其结合受体KEAP1有体细胞突变的病人样本,通过分析相似的激活或抑制的上游调节因子,我们得到了来自于不同疾病、组织和生物体的匹配分析结果。由此,IPA快速和成功地匹配了所有表明NFE2L2激活的特征。在这里,从化学治疗的小鼠的肾脏出发进行查询分析,获得了并与体细胞突变的人(非肾)鳞状细胞癌的分析相匹配,得到了关键性Nrf2通路基因网络(图1)。我们也可以用热图更详细的展现,在这些生物条件下的NFE2L2的活性(图2)。

 


图1:用NFE2L2激活剂CDDO-Me处理的小鼠肾脏表达谱的核心分析。这一分析匹配了几个具有NFE2L2或KEAP1体细胞突变的TCGA数据集。小鼠肾脏表达数据来自PMED:26422507。

 


图2:以热图显示了与CDMA-ME处理的小鼠肾脏的匹配的上游调节因子的Analysis Match结果。热图显示了TCGA和MouseDisease几个样本的Z-Score对比结果。红框内是上游调控因子 NFE2L2的对比结果。粉红色的标签代表我们上传的需分析的样本,蓝色标签(#160)表示带有KEAP1体细胞突变的肺癌(LUSC)样本。由IPA分析预测NFE2L2在网络中是激活的,见右侧,图中在中心是NFE2L2被激活(橙色)的,周围是来自于上传数据中的靶标基因。红色节点代表上调基因,绿色节点表示KEAP1突变的鳞状细胞癌相对于同型KEAP1野生型癌组织下调的基因。用红色箭头(上面的#140和114)显示的来自于TCGA的两个在体细胞突变的NFE2L2激活分析样本。


为TCGA每个癌症类型的收集的driver mutations样本是基于QIAGEN QIAseq Targeted DNA Panels,需要最少两个案例和两个对照样本来创建一个数据集。表2显示了每种癌症类型创建的数据集的数量。



表2:每个癌症类型创建的数据集数量。每个数据集对应于由不同基因中的体细胞突变引起的癌症类型。


其他更新:

● 加快了IPA中数据分析结果打开速度。

● 增强了代谢产物的Mapping能力,添加了400余个代谢产物,为几百个已存在的代谢产物添加了HMDB IDs。

● 为注释稀少的基因增强了Ensemble ID的mapping能力。

● 为已有的lncRNAs添加了文献数据,添加了85余个新的lncRNA及其findings。


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