CLC Genomics Workbench发布新版本11.0

2017-12-11 00:00:00 来源:源资科技市场部

新闻摘要:CLC Genomics Workbench发布新版本11.0


CLC Genomics Workbench发布新版本11.0

  用新的视窗模式(Viewing Mode)共享发现


      你是否需要一个免费的基因组浏览器来进行数据分享和发现么?如今,Biomedical Genomics Workbench和CLC Genomics Workbench可以当做免费的基因组浏览器试用,能够提供可视化的视窗,并用来探讨NGS分析结果。不需要License即享受开放或专一的文件格式的分享!

  •   所有生物信息文件能够用新的视窗模式中导入或导出,以便共享和查看各种文件格式。
  •   可以在安装Workbench时自选开始使用新的视窗模式, 需要填写License时,只需选择在视窗模式,即可运行。

 

  可更自由在网络Licenses下分享模块

  好消息:我们已经改进了CLCWorkbench模块共享模式。网络管理License和共享给同事模块现在更加灵活。

  •   如今Workbench只要求一个从CLC服务器License发出的模块License即可使用模块。
  •   即使用户没有关闭Workbench,也可以使用上一工具后获得4个小时的模块的License。
  •   与以前一样,当Workbench关闭时,所有获得的模块License都会发布到CLC服务器中。
  •   只要没有使用别的工具,其他同事就可以在不需要License的情况下安装一个模块。
  •   敬请期待:我们正在为CLC License Server 开发一个用户界面。

 



通过改进的adapter trimming避免分析错误
新功能:Read-through adapter trimming
      随着读长越来越长,NGS读长经常会在末端出现部分下游adapter序列。这样采用常规方法往往难以检测很短的adapter片段,但如果不进行adapter trimming,会在突变检测或de novo中产生误差。
      目前大多数研究人员使用的adapter trimming工具无法检测到这些错误。我们检索了已发布的数据集,发现平均有6%的读长仍然包含部分Read-through adapters。

 


在这个例子中,测序NGS读长比DNA片段长。因此,读长将包括了下游的Read-through adapters(见红色方块)。

  为了减少出错的机会,我们为配对测序数据引入了有效的read-through adapter trimming。

  •   自动检测和read-through adapter trimming,无需手动配置。
  •   由于对配对测序产生的第一条与第二条读长的自动检测功能,此选项仅可用于配对测序读长。自动adapter trimming将只检测read-throughs,可结合通常使用的adapter trimming提高精度。


改进的NGS读长处理和标准adapter-trimming
      如今,很容易导入并准备NGS读读长。我们为adapter trim重新设计了用户界面,,以提高标准或自定义adapter-trimming的易用性。

  •   安装过程中的选择影响工具trim会以可视化界面展示。
  •   新设计的界面使adapter trim-scenarios的范围更大,但需要选择的设置和选项更少。

 


  还有许多其他的改进……

  •   大幅提高了Illumina高通量测序数据导入速度。
  •   Paired-end reads在可以导出两个FastQ文件–第一条读长和第二条读长。交错格式仍然可以选择为导出选项。
  •   NCBI BLast程序更新。

  本版本更多改进和更改,请参阅发布说明的完整列表。

  发布说明请超级链接到:https://www.qiagenbioinformatics.com/products/clc-genomics-workbench/latest-improvements/current-line/



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