Direct Force Field

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Direct Force Field (DFF) 是一个具有独特功能的分子模拟软件,它的功能是解决分子模拟中缺失力场参数的问题,主要包括使用 TEAM 力场数据库的基本功能和自动参数化的高级功能。

TEAM 力场数据库
      和其它力场不同,TEAM 力场是使用计算机数据库技术储存、管理和使用已有的力场参数。使用计算机数据库的优点在于可以混合使用不同的力场。另外,用计算机数据库的方法扩展已有的力场参数也是比较容易实现的。和其它力场对比,TEAM 具有超大的覆盖面。它已覆盖了常见的有机分子,聚合物分子和药物分子,而且它的覆盖面还在不断的扩大。

自动参数化工具
      DFF 的参数自动化技术也是独特的。它是一个基于大量实践经验开发的专家系统。从自动生成参数化所需要的分子,到用量化方法计算势能面,再到拟合量化数据并验证力场参数,这一过程全部可以用 DFF 高效率的完成。关于非键相互作用,DFF 提供了通过模拟大量的液体性质得到的参数作为默认值。此外,还提供了通过拟合液体的实验数据优化非键参数的功能。

DFF 的基本功能
      对于使用者来说,提供所需要的力场参数是 DFF 的基本功能。使用这一功能极为简单,使用者只需提交所要模拟的分子体系的结构文件(DFF 支持常见的文件格式),DFF 根据分子结构自动确定所有原子的类型和电荷,检索数据库并将得到的力场参数信息写成分子模拟软件的输入文件。DFF 支持 GROMACS, LAMMPS,DISCOVER,TOWHEE, NAMD 等分子模拟软件。DFF 的这一基本功能既可以在 DFF 的用户图形界面下使用,也可以用脚本文件的形式批量处理。

DFF 的高级功能
      在大多数情况下 DFF 可以提供所需要的力场参数。但是也有可能发生缺失参数的情况。这时使用者一方面可以用 DFF 的自动参数化工具拟合所需要的参数,另一方面,如果文献中有适当的参数报道,使用者也可以用DFF 导入文献中报道的原子类型和相应的参数。无论怎样,只要将新参数储存到 TEAM 数据库中,就可以和已有的参数共同使用,从而扩大 TEAM 力场的覆盖面。

两个版本适应不同的需求
       DFF7 具有两个版本,Express 版本提供基本功能。Professional 版本提供 DFF 的全部功能。



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点击数:5724 录入时间:2015-02-03 13:56:13【打印此页】【返回

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