Biomedical Genomics Workbench

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  Biomedical Genomics Workbench揭开复杂的NGS分析并且对敏感性和特异性的新的见解有超过95%的无以伦比的准确性。Biomedical Genomics Workbench提供一套全面的直观的分析流程,工具和可视化模块,对基因组,可定制分析。特别针对新一代测序(NGS)的扩增、转录组和表观遗传的信息。加速对测序数据,比如新的癌症和遗传性疾病的生物标志物的发现步伐。

  癌症和遗传性疾病的NGS数据挖掘,寻找治疗答案

  -界面友好,具有完整的、可定制的分析工作流程
      -专业的分析功能,对DNA序列和RNA测序数据的低频变异进行高灵敏度检测
      -拷贝数检测和有针对性的扩增子测序无与伦比的准确性
      -集成的可视化,验证,报告和过滤工具,使简单和完全可定制的分析工作流程。
      -对致病性的变异蛋白质可进行三维结构的可视化预测

 


2017年CLC bio更新介绍:Biomedical Genomics Worbench 4

  CLCBio的两款主打软件是全面的生物信息学分析工具,能够对所有主要二代测序平台获得的结果进行分析和可视化。该工具能够无缝整合入常规NGS工作流程。适用于遗传学、转录组学和表观遗传学研究。其包含多种功能,如read mapping和de novo,还为resequence、ChIP-seq和RNA-seq提供相关应用。CLC Genomics Workbench 10 和 Biomedical Genomics Worbench 4是今年最新版本。


改进RNA-seq分析和更多统计工具
      RNA-seq分析工具现在运行速度更快,结果更准确
      可以利用RNA spike-ins如ERCC和SIRV验证RNA-Seq实验。还可以通过全新的“Import Spike-ins tool”导入自定义spike-ins。
      RNA-seq分析报告有了很大的提高:
          Reads mapped到的生物类型分布图
          Reads的单链特异性
          任何覆盖偏倚
          Read-through的潜在适配器
          spike-ins实验结果

 

  RNA-seq分析中将鉴定的潜在问题高亮为粉红色。该报告还包括客户需要的的故障排除的命令。

 

  创建合并的RNA-seq报告工具可以将多个RNA-seq分析报告整合到一个钟,从而便于比较几个RNA-seq分析。整合的报告还会包括涉及的数据中不佳的质量或不正确的参数选择。

 


  所有高级统计程序插件的统计工具现在都是一个新的文件夹中,名为RNA-Seq分析。这些工具会根据测序深度的差异自动消除需要规范的输入数据。比如,RNA-Seq的TE和GE的报告,生成2D和3D PCA图,热图,火山图、文氏图。

 

  一个Gene Set Test新工具使用超几何测试可以发现如Gene Ontology术语的多基因集。Gene Ontology注释现在可以自动与Gene Ontology术语配对。

 


改进导入数据功能
      现在可以轻松地导入:
          PacBio数据
          参考基因组
          比以前更多类型的COSMIC reads

  根据自己的生物型GFF3格式文件种不同RNA tracks现在标为不同的颜色。

 

  搜索SRA中reads时,现在可以缩小搜索范围仅限于那些与PubMed摘要或全文文章相关的结果。


增强了read mapper
      Map Reads to References 和RNA-Seq Analysis工具进行了改进:
          更快
          针对包含indels的难以map的reads更准确了
          更好的map长reads
          优化处理PacBio reads
          使用更少的内存
  包含许多较短的序列的Draft assemblies或转录组将运行得更快,与tracks相关的表将更能更快的被打开。
  表格筛选更容易:右键点击单元格即可根据单元格的值进行表行的过滤。

 

  搜索元数据表中数据的速度已经有了很大的提高。



点击数:5628 录入时间:2017-08-30 16:59:52【打印此页】【返回

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